Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UAD mengelola dua Jurnal, yaitu:

1. Jurnal Bioedukatika
   Jurnal Bioedukatika terbit pertama kali tahun 2013, saat ini Jurnal Bioedukatika telah terakreditasi peringkat 2 (SINTA 2). Selain itu Jurnal Bioedukatika telah terindeks Garuda, Dimensions, WorldCat, dan EBSCO. Terbit 3 kali dalam satu tahun (Februari, Juni,  dan Oktober) dengan cakupan artikel ilmiah terkait dengan Pendidikan Biologi.
2. Journal on Biology and Instruction
   Journal on Biology and Instruction terbit pertama kali tahun 2021, saat ini telah terakreditasi peringkat 5 (SINTA 5). Journal on Biology and Instruction terbit dua kali dalam satu tahun (Juni dan Desember), dengan cakupan artikel terkait bidang Biologi dan Pendidikan Biologi

Symposium on Biology Education (Symbion) merupakan conference yang dikelola oleh Program Studi Pendidikan Biologi. Symbion pertama kali diselenggarakan pada tahun 2015. Prosiding symbion terdaftar pada ISSN pada tahun 2016 dengan nomor ISSN 2528-5726.